In Prince of Persia: The Two Thrones kruipt de speler wederom in de huid van de Prins. Na zijn avonturen in Warrior Within dacht hij eindelijk naar zijn veilige thuishaven, Babylon, te kunnen gaan maar niks is minder waar. Zijn stad wordt aangevallen door een vijandelijk leger en tot overmaat van ramp wordt hij besmet door de Sands of Time. Hierdoor ontstaat er bovendien een dark-side van de Prins. Deze duistere kant zorgt ervoor dat de gameplay feitelijk in twee delen wordt gesplitst. Aan de ene kant zul je nog steeds met de oude, vertrouwde Prins moeten spelen, waar vooral de nodige acrobatiek en puzzelwerk om de hoek komt kijken. De Prins zal nieuwe moves kunnen gaan uitvoeren en ook de puzzels in het spel zullen anders zijn als in de vorige delen. Voor het vechten zul je vooral op je duistere persoonlijkheid zijn.